为探究石化之谜，千空准备启程至石化发生源南美洲，他们促进了当地农耕和畜牧技术，并建造了帆船。千空率领成员出航前往百夜等人曾经居住的岛屿，与岛上的统治者荆棘及其部下交战，并夺得石化装置、取得胜利。位于石神村的琉璃用无线电向千空询问进展，但通讯却遭到拦劫，拦截者以千空的声音发出了足以将整个地球石化的石化装置启动指令……

全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。在文明遭到毁灭的石头世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。而与此同时苏醒过来的有，以有着过人体力的儿时玩伴·大木大树为首的伙伴们，从零开始创造文明——从石器时代到现代文明，一定要赶上这科学史的200万年差距！前所未闻的创世冒险谭，就此开幕！

全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。面对文明毁灭的石之世界（STONE WORLD），千空决定依靠科学的力量取回原本的世界。他召集新的伙伴，创立了『科学王国』。火、铁、电气、玻璃、手机……千空等人开始跨越从石器时代到现代文明的200万年科学史。但号称灵长类最强的高中生·狮子王司所统率的『武力帝国』却阻挡在他们面前。以净化人类为目标的司，企图利用强大的武力来阻止科学的发展——STONE WARS，就此开战！

全人类因神秘现象瞬间被石化后，过了数千年——。拥有超人头脑的科学少年千空苏醒了。面对文明灭绝的石之世界，千空决心用科学的力量夺回这个世界。让体力过人的青梅竹马·大木大树苏醒，要从零开始创造文明——从石器时代到现代文明，追上200万年的科学史！前所未闻的创世冒险故事，就此展开！

从石器时代到现代文明，登上200万年的科学史！前所未有的技艺冒险故事，在此开幕！所有人类因神秘现象瞬间石化后已过了数千年——拥有过人头脑的，天才科学少年千空醒来了。面对文明已经毁灭的石之世界，千空决定，用科学的力量将世界恢复原状。他要集结新的同伴，建立起“科学王国”。但是，灵长类最强的高中生狮子王司率领著“武力帝国”拦住了他。司以净化人类为目标，想要靠强大的武力阻止科学发展。科学与武力间爆发了激烈的战斗，最终千空率领的科学王国取得了优势。由于同伴谋反，司陷入了人工冬眠状态。接著，为了复活全人类，科学王国要前往石化光线的发源地——地球的对面，新世界！冲入世界揭开石化之谜！石之世界大航海时代终于要开幕了——

全人类因神秘现象瞬间被石化后，过了数千年——。拥有超人头脑的科学少年千空苏醒了。面对文明灭绝的石之世界，千空决心用科学的力量夺回这个世界。让体力过人的青梅竹马·大木大树苏醒，要从零开始创造文明——从石器时代到现代文明，追上200万年的科学史！前所未闻的创世冒险故事，就此展开！

自全人类被神秘现象瞬间石化之后，已过去了几千年——千空，一个有着超越常人的头脑，彻头彻尾的科学少年醒来了。面对着文明已经灭绝的石之世界，千空决心以科学的力量重建地球，他找来了同伴，建立起了“科学王国”。但是，他们碰上了由灵长类最强高中生狮子王司统领的“武力帝国”。司为了净化人类，决心以强大的武力，阻止科学的发展。经过科学与武力的大战，千空等人的科学王国取得优势，两国最终和解。司因为背叛而陷入了冷冻睡眠状态，而千空为了复活全人类，决心率领科学王国前往石化光线的产生地——地球另一头的新世界。迈向全世界，解开石化之谜！石世界的大航海时代终于拉开了序幕！

特别篇主要讲述了千空航海前与龙水打交道的故事。为了换取龙水的航海技术，千空他们要在这个史前社会挖石油……

全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。而与此同时苏醒过来的有，以有着过人体力的儿时玩伴·大木大树为首的伙伴们，从零开始创造文明——从石器时代到现代文明，绝对要赶上这科学史的200万年差距！前所未闻的创世冒险谭，就此开幕！